Antes da colonização portuguesa, a região era ocupada por índios Tupinambás ao norte e Tupiniquins ao sul, sendo a Serra de Boiçucanga - 30 km ao sul de São Sebastião - uma divisa natural das terras das tribos.

O município recebeu este nome em homenagem ao santo do dia em que passou ao largo da Ilha de São Sebastião hoje Ilhabela - a expedição de Américo Vespúcio: 20 de janeiro de 1502.

A ocupação portuguesa ocorre com o início da História do Brasil, após a divisão do território em Capitanias Hereditárias. Diogo de Unhate, Diogo Dias, João de Abreu, Gonçalo Pedroso e Francisco de Escobar Ortiz foram os sesmeiros que iniciaram a povoação, desenvolvendo o local com agricultura e a pesca. Nesta época a região contava com dezenas de engenhos de cana de açúcar, responsáveis por um maior desenvolvimento econômico e a caracterização como núcleo habitacional a político.

Isto possibilitou a emancipação político-administrativa de São Sebastião em 16 de março de 1636.

O desenvolvimento econômico prossegue baseado em culturas como a cana de açúcar, o café, o fumo e a pesca da baleia. O porto local, de grande calado natural, era utilizado para o transporte de mercadorias e também pelos navios que faziam o transporte do ouro das Minas Gerais, e também por piratas e contrabandistas. Na metade do século XIX a região tinha fazendas, onde 2.185 escravos produziram 86 mil arrobas de café no ano de 1854.

Fonte e Maiores Informações:
Prefeitura de São Sebastião